Soutien bio-informatique aux projets de recherche des équipes :
Prise en charge des analyses de données NGS.
Accompagnement de projets.
Aide à l’utilisation de moyens de calcul et de stockage.
Développement et maintenance d’applications.
Liste des analyses pouvant être mises en œuvre rapidement.
Expression des gènes
Expression différentielle – RNA-seq
Épigénomique
Méthylation de l’ADN (séquençage bisulfite)
ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing
ChIP-seq (Chromatin ImmunopreciPitation sequencing)
Assemblage de novo
Assemblage de transcriptome
Clustering de transcriptome
Prédiction de gènes
Prédiction de gènes sur un génome
Analyse de familles de gènes
Phylogénie moléculaire
Le catalogue des analyses courantes sera mis à jour en fonction de vos besoins et de l’évolution du service.
Pour des analyses non listées ici n’hésitez pas à nous contacter : bsbii « @ » obs-banyuls.fr
Organisation et animation d’ateliers :
initiation à Linux, utilisation de cluster de calcul, gestion du code avec git et gestion de projet sur GilLab, Python, analyses bio-informatiques.
Membres du service
Chowdhury, R., Roure, A., le Pétillon, Y. et al. – Highly distinct genetic programs for peripheral nervous system formation in chordates. BMC Biol 20, 152 (2022). doi.org/10.1186/s12915-022-01355-7
Brasó-Vives, M., Marlétaz, F., Echchiki, A. et al. Parallel evolution of amphioxus and vertebrate small-scale gene duplications. Genome Biol 23, 243 (2022). doi.org/10.1186/s13059-022-02808-6
Mayeur H, Lanoizelet M, Quillien A, Menuet A, Michel L, Martin KJ, Dejean S, Blader P, Mazan S and Lagadec R (2021) When Bigger Is Better: 3D RNA Profiling of the Developing Head in the Catshark Scyliorhinus canicula. Front. Cell Dev. Biol doi:/10.3389/fcell.2021.744982
Bertrand S, Carvalho JE, Dauga D, et al. The Ontology of the Amphioxus Anatomy and Life Cycle (AMPHX). Front Cell Dev Biol. 2021. doi:10.3389/fcell.2021.6680
Contactez-nous
bsbii "@" obs-banyuls.fr
LOCALISATION
Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer
Biologie Intégrative des organismes marins
1 avenue Pierre Fabre
66650 Banyuls-sur-Mer