Le service de bioinformatique accompagne les chercheurs de l’Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer dans l’analyse, la gestion et l’interprétation des données biologiques, en particulier issues du séquençage haut débit.

Positionné à l’interface entre biologie et science des données, il intervient auprès de l’ensemble des unités de recherche de l’Observatoire, sur des thématiques allant de la génomique évolutive à l’écologie marine et à la microbiologie.

Missions

Le service apporte un appui méthodologique et technique à toutes les étapes des projets de recherche :

• analyse de données génomiques et transcriptomiques (NGS),

• développement, adaptation et maintenance de pipelines d’analyse,

• conception de nouveaux workflows bioinformatiques adaptés aux questions scientifiques,

• accompagnement à la conception expérimentale et aux stratégies de production de données,

• gestion, stockage et reproductibilité des analyses,

• formation et accompagnement des chercheurs, ingénieurs et étudiants.

Au-delà de la mise en œuvre des analyses, le service contribue à la définition des approches méthodologiques, à l’anticipation des contraintes techniques et à l’utilisation des ressources de calcul mutualisées.

Pour qui ?

Le service s’adresse à l’ensemble des chercheurs, ingénieurs, doctorants et stagiaires de l’Observatoire  que ce soit pour :

• un besoin d’analyse,

• un appui méthodologique en amont d’un projet,

• la gestion ou l’exploitation de données,

• le développement d’approches bioinformatiques spécifiques,

• des actions de formation.

Catalogue des analyses bioinformatiques

Le service propose un ensemble d’analyses pouvant être mises en œuvre rapidement, sur la base de pipelines éprouvés et documentés. Ce catalogue évolue en fonction des besoins des équipes, des projets en cours et des avancées méthodologiques.

Transcriptomique

• Analyse d’expression génique

• Analyse d’expression différentielle (RNA-seq)

• Assemblage et analyse de transcriptomes

• Clustering et annotation fonctionnelle de transcriptomes

Génomique

• Assemblage de novo de génomes

• Assemblage hybride (lectures courtes / longues)

• Annotation structurale et fonctionnelle de génomes

• Analyse de familles de gènes

• Génétique comparative et analyses d’évolution

Épigénomique et régulation

• Analyse de méthylation de l’ADN (bisulfite-seq)

• ATAC-seq (accessibilité de la chromatine)

• ChIP-seq (interactions ADN-protéines)

• Inférence de réseaux de régulation génique (GRNs)

Métagénomique et écologie microbienne

• Analyse de données métagénomiques et métatranscriptomiques

• Assignation taxonomique

• Analyses de diversité et de structure de communautés

Phylogénie et évolution

• Phylogénie moléculaire

• Analyses comparatives multi-espèces

• Étude de l’évolution des gènes et des génomes

Données et reproductibilité

• Mise en place et adaptation de pipelines d’analyse

• Documentation, traçabilité et reproductibilité des workflows

• Gestion, structuration et sécurisation des données de recherche

• Préparation et dépôt de données dans les bases publiques (principes FAIR)

Formations en bioinformatique

Le service de bioinformatique propose des formations destinées aux chercheurs, ingénieurs et doctorants souhaitant acquérir des compétences opérationnelles pour l’analyse de données biologiques et l’utilisation des environnements de calcul.

Ces formations sont construites à partir de cas concrets de recherche et visent une mise en pratique rapide, que ce soit pour une initiation ou un renforcement de compétences.

Principales thématiques proposées

• Linux pour les biologistes (ligne de commande, gestion des fichiers, accès distant)

• Introduction à Python pour l’analyse de données

• Utilisation des moyens de calcul mutualisés (clusters, HPC, gestion des jobs)

• Bonnes pratiques de gestion des données, documentation et reproductibilité

• Introduction aux workflows d’analyse de données de séquençage (NGS)

Les sessions alternent apports méthodologiques et travaux pratiques sur des jeux de données biologiques. Elles peuvent être proposées :

• sous forme de sessions collectives,

• dans le cadre de la formation permanente,

• ou organisées à la demande pour une équipe ou un projet.

Pour toute demande de formation ou pour organiser une session spécifique, vous pouvez contacter le service.