Aller au contenu Aller au menu Aller à la recherche

accès rapides, services personnalisés
Rechercher
Biologie Intégrative des Organismes Marins
UMR 7232

Phylogénie moléculaire

Phylogénie moléculaire

Objectif

Obtenir un arbre phylogénétique d'une famille de gènes.

Prérequis

Une séquence d'un des gènes de la famille des gènes (format .fasta) et un jeu de données à sonder (format .fasta).

Livrables

Alignement de séquences (.fst), arbre phylogénétique (aux formats .nwk et .png), figure éditée (.ppt ou .pdf).

Méthodes

- Ensembl, Genomicus, NCBI et bases de données BLAST adéquates (locales ou en ligne)

- SeaView (alignement de séquences, fait tourner Gblocks (masquage de sites) ClustalO, Muscle et optionnellement Mafft ou T-Coffee)

- PhyML, IQ-Tree (calcul de l'arbre par maximum de vraisemblance (ML) ou MrBayes (bayésien)).

08/02/21

Traductions :