Phylogénie moléculaire
Phylogénie moléculaire
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Objectif |
Obtenir un arbre phylogénétique d'une famille de gènes. |
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Prérequis |
Une séquence d'un des gènes de la famille des gènes (format .fasta) et un jeu de données à sonder (format .fasta). |
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Livrables |
Alignement de séquences (.fst), arbre phylogénétique (aux formats .nwk et .png), figure éditée (.ppt ou .pdf). |
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Méthodes |
- Ensembl, Genomicus, NCBI et bases de données BLAST adéquates (locales ou en ligne) - SeaView (alignement de séquences, fait tourner Gblocks (masquage de sites) ClustalO, Muscle et optionnellement Mafft ou T-Coffee) - PhyML, IQ-Tree (calcul de l'arbre par maximum de vraisemblance (ML) ou MrBayes (bayésien)). |