Clustering de transcriptome
Clustering de transcriptome
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Objectif |
Etablir un transcriptome non-redondant de l'espèce à partir d'un transcriptome potentiellement redondant (e.g. transcrits alternatifs) et de données RNA-Seq. |
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Prérequis |
Transcriptome (format .fasta), données issues du séquençage de l'ARN (fichiers .fastq, paired-end ou single-end) |
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Livrable |
Un transcriptome non-redondant (format .fasta), un fichier Word comprenant un tableau de métriques (nombre de transcrits, N50, taille moyenne, taille médiane, longueur totale, remapping des reads, score BUSCO). |
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Méthode |
Bowtie2 ou BWA (remapping des reads), SAMtools (traitement des alignements), Corset et SuperTranscripts (clustering), DrapAssessment (calcul des métriques). |