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Biologie Intégrative des Organismes Marins
UMR 7232

Clustering de transcriptome

Clustering de transcriptome

Objectif

Etablir un transcriptome non-redondant de l'espèce à partir d'un transcriptome potentiellement redondant (e.g. transcrits alternatifs) et de données RNA-Seq.

 

Prérequis

Transcriptome (format .fasta), données issues du séquençage de l'ARN (fichiers .fastq, paired-end ou single-end)

Livrable

Un transcriptome non-redondant (format .fasta), un fichier Word comprenant un tableau de métriques (nombre de transcrits, N50, taille moyenne, taille médiane, longueur totale, remapping des reads, score BUSCO).

Méthode

Bowtie2 ou BWA (remapping des reads), SAMtools (traitement des alignements), Corset et SuperTranscripts (clustering), DrapAssessment (calcul des métriques).

08/02/21

Traductions :