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Biologie Intégrative des Organismes Marins
UMR 7232

ATAC-Seq

ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)

 Objectif

Caractériser les régions ouvertes de la chromatine ainsi que dans une moindre mesure le positionnement des nucléosomes.

Prérequis

Données issues du séquençage des librairies d'ADN incubées avec la transposase Tn5.

Pour plus de détails sur le protocole ATAC-seq et pour la liste de publications plus complète, vous pouvez consulter le site d'Illumina.

Livrable

Rapport html : exemple et explications.

 Méthode

Pipeline nf-co.re/atacseq 

 

Raw read QC(FastQC) / Adapter trimming (Trim Galore!) / Alignment (BWA) / Merge alignments from multiple libraries of the same sample (picard)/ Filtering to remove: reads mapping to mitochondrial DNA (SAMtools), reads mapping to blacklisted regions (SAMtools, BEDTools) ... ,/Alignment-level QC and estimation of library complexity (picard, Preseq) / Create normalised bigWig files scaled to 1 million mapped reads (BEDTools, bedGraphToBigWig) / Generate gene-body meta-profile from bigWig files (deepTools)/ Calculate genome-wide enrichment (deepTools) / Call broad/narrow peaks(MACS2) / Annotate peaks relative to gene features (HOMER) / Create consensus peakset across all samples and create tabular file to aid in the filtering of the data (BEDTools)/ Count reads in consensus peaks(featureCounts)/ Differential accessibility analysis, PCA and clustering (R, DESeq2)/ Generate ATAC-seq specific QC html report (ataqv)/ Create IGV session file containing bigWig tracks, peaks and differential sites for data visualisation(IGV) / Present QC for raw read, alignment, peak-calling and differential accessibility results (ataqv, MultiQC, R)

01/02/21

Traductions :