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Biologie Intégrative des Organismes Marins
UMR 7232

RNA-seq

Expression différentielle - RNA-seq

Objectif

Identifier et quantifier les transcrits d'un jeu de données et comparer leur niveau d’expression entre différentes conditions.

 Prérequis

Données issues du séquençage de l'ARN (fichiers fastq, paired-end ou single-end), le génome ou transcriptome de référence (fichier fasta), l'annotation (fichier gff3 ou gtf).

Livrable

Rapport html (contrôles qualité des données fournies, validité de la méthode de normalisation,  tests de validité statistique de l'expression différentielle), tableaux d'expressions pour toutes les conditions comparées.

Méthode

Le workflow : nettoyage de reads (Trim Galore / Trimommatic ), vérification de la qualité des données avant et après nettoyage, mapping (STAR), quantification (featureCounts), expression différentielle ( SARTools).

09/02/21

Traductions :