RNA-seq
Expression différentielle - RNA-seq
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Objectif |
Identifier et quantifier les transcrits d'un jeu de données et comparer leur niveau d’expression entre différentes conditions. |
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Prérequis |
Données issues du séquençage de l'ARN (fichiers fastq, paired-end ou single-end), le génome ou transcriptome de référence (fichier fasta), l'annotation (fichier gff3 ou gtf). |
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Livrable |
Rapport html (contrôles qualité des données fournies, validité de la méthode de normalisation, tests de validité statistique de l'expression différentielle), tableaux d'expressions pour toutes les conditions comparées. |
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Méthode |
Le workflow : nettoyage de reads (Trim Galore / Trimommatic ), vérification de la qualité des données avant et après nettoyage, mapping (STAR), quantification (featureCounts), expression différentielle ( SARTools). |