Missions

Soutien bio-informatique aux projets de recherche des équipes :

• Prise en charge des analyses de données NGS.
• Accompagnement de projets.
• Aide à l'utilisation de moyens de calcul et de stockage.
• Développement et maintenance d'applications.

Catalogue des analyses courantes

Liste des analyses pouvant être mises en œuvre rapidement.

Expression des gènes

• Expression différentielle - RNA-seq

Épigénomique

• Méthylation de l'ADN (séquençage bisulfite)
• ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing
• ChIP-seq (Chromatin ImmunopreciPitation sequencing)

Assemblage de novo

• Assemblage de transcriptome
• Clustering de transcriptome

Prédiction de gènes

• Prédiction de gènes sur un génome

Analyse de familles de gènes

• Phylogénie moléculaire

Le catalogue des analyses courantes sera mis à jour en fonction de vos besoins et de l'évolution du service.

Pour des analyses non listées ici n'hésitez pas à nous contacter : bsbii @ obs-banyuls.fr (bsbii @ obs-banyuls.fr)

Formation

Organisation et animation d'ateliers : initiation à Linux, utilisation de cluster de calcul, gestion du code avec git et gestion de projet sur GilLab, Python, analyses bio-informatiques.

Communication

Le service gère une liste de diffusion consacrée à la bio-informatique. Elle s'adresse à tous les personnels de l'Observatoire.

Pour vous inscrire.

Nous avons également un espace Slack où vous pouvez nous contacter directement. Pour y accéder vous devez disposer d'une invitation que vous pouvez nous demander par e-mail.

Membres du service

• Vladimir Daric
• Hélène Mayeur

Contact

Pour toute demande : bsbii @ obs-banyuls.fr (bsbii @ obs-banyuls.fr)