Missions
Soutien bio-informatique aux projets de recherche des équipes :
- Prise en charge des analyses de données NGS.
- Accompagnement de projets.
- Aide à l'utilisation de moyens de calcul et de stockage.
- Développement et maintenance d'applications.
Catalogue des analyses courantes
Liste des analyses pouvant être mises en œuvre rapidement.
Expression des gènes
Épigénomique
- Méthylation de l'ADN (séquençage bisulfite)
- ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing
- ChIP-seq (Chromatin ImmunopreciPitation sequencing)
Assemblage de novo
Prédiction de gènes
Analyse de familles de gènes
Le catalogue des analyses courantes sera mis à jour en fonction de vos besoins et de l'évolution du service.
Pour des analyses non listées ici n'hésitez pas à nous contacter : bsbii @ obs-banyuls.fr
Formation
Organisation et animation d'ateliers : initiation à Linux, utilisation de cluster de calcul, gestion du code avec git et gestion de projet sur GilLab, Python, analyses bio-informatiques.
Communication
Le service gère une liste de diffusion consacrée à la bio-informatique. Elle s'adresse à tous les personnels de l'Observatoire.
Nous avons également un espace Slack où nous pouvons échanger. Il faut utiliser une adresse e-mail @obs-banyuls.fr pour s'inscrire.
Membres du service
Contribution aux publications:
Mayeur H, Lanoizelet M, Quillien A, Menuet A, Michel L, Martin KJ, Dejean S, Blader P, Mazan S and Lagadec R (2021) When Bigger Is Better: 3D RNA Profiling of the Developing Head in the Catshark Scyliorhinus canicula. Front. Cell Dev. Biol doi:/10.3389/fcell.2021.744982
∴
Bertrand S, Carvalho JE, Dauga D, et al. The Ontology of the Amphioxus Anatomy and Life Cycle (AMPHX). Front Cell Dev Biol. 2021. doi:10.3389/fcell.2021.668025
Contact
Pour toute demande : bsbii @ obs-banyuls.fr